一大纲：
高坂光司是秋叶原国一个很普通的本子画师，每日需要画大量的本子才能赚到生活费，偶然的一天，他下班回家发现床上居然躺着《天降之物》中的伊卡洛斯，还意外的和伊卡洛斯连在了一起，迫不得已，光司只能带着她上班，上班的时候出现了意外，事务所社长是《约会大作战》中的时崎狂三的第九分身。
伊卡洛斯错误的把时崎狂三识别成了敌人把她杀死了，光司被带进次元警局，没想到警局的局长是时崎狂三的第三分身，第三分身好像很欣赏光司并且对他抱有好感。
《情色漫画老师》中的和泉纱雾因为想要成为更好的工口插画师来到次元警局保释光司，并且希望能和他约会，因为害羞和泉纱雾落荒而逃，光司只得带着伊卡洛斯回家。
没想到光司的父亲高坂大玲也是个ACG爱好者，尤其喜欢机器娘，对伊卡洛斯爱不释手，并希望光司能把伊卡洛斯送给他。晚上受到了和泉纱雾的邀请，光司第二天前往中心广场和和泉纱雾约会，
两人一起前往秋叶原的时候在车站遇见了《没有黄段子的无聊世界》中的学生会长华城绫女正在散播给未成年人不良读物，两人出手相助帮忙阻止了前来追击的善导课，不了两人的身份也被划入了违禁的范畴，
跟随华城绫女前往秋叶原学院，在校门遇到了《妄想学生会》中的学生会会长天草筱，没想到她刚刚升到大学部就补充上了学生会长的空缺职务，引起来华城绫女的不满，天草筱也对华城绫女自作主张的把三人吸纳进入秋叶原学院感觉不爽，要求三人如果不在学校就学就以扰乱次元合法公约逮捕他们，不得已，光司成为了秋叶原学院中唯一的三次元人，开始了学院生活。
刚入学就因为伊卡洛斯被骗被迫与《lovelive》中的缪斯组合和初音未来进行比拼，缪斯以初音未来没有剧情为由，拉拢和泉纱雾加入自己的剧情派，因为得到了“可以尽情观赏九个妹子**”的条件，和泉纱雾同意了，却因为光司是三次元人被拒绝加入了这个组织，没想到学院中已经暗中分为了很多的教派，其中有一个“歧视三次元”的派别应运而生，对于光司加入二次元部深感怨念，
华城绫女知道这件事情后，带领光司找狂三院长理论，没想到这整个学院也被时崎狂三控制了，二次元分院的院长是时崎狂三的第五分身，因为宿舍分配问题，只能让四人居住在一间宿舍，引起了华城绫女的极大不满。没想到这个分身也机遇渴求伊卡洛斯，让光司重新审视起来伊卡洛斯的问题，
最终在华城绫女的威胁下，四人COS成伊卡洛斯参加比赛，傍晚的时候，光司在阳台上意外遇见了小鸟游六花，获得了“像结城梨斗一样摔跤”的设定，和六花一起潜入最强歌姬比赛现场，修改比赛线路，达到出人意料的召唤阵效果，完成后，六花威胁光司和自己签订了“邪王真眼使徒侍奉漆黑泽克斯终极契约”，
第二天的比赛穗乃果决心报复光司要让他在舞台上出丑，因为六花铺设的舞台灯很像大蒜的原因，南小鸟错误的把颜料桶倒向了伊卡洛斯，收到了攻击的伊卡洛斯启动了防护模式，
引起了伊卡洛斯的暴走，火力全开轰塌了学校礼堂，震动引起了出自《约会大作战》中的反精灵部队AST（AntiSpiritTeam）的注意，为了防止对国民人身产生了威胁，AST决定消灭伊卡洛斯，被领队的鸢一折纸拦了下来，认为无权插手这件事，AST高层强行授权攻击，跟伊卡洛斯缠斗之下，最终是引出了伊卡洛斯的天王星系统，AST不敌，无奈只有基拉大和驾驶搭载了流星装备的强袭自由才能与之一战，结果强袭自由也不敌，自信满满的光司觉得自己能像动漫主角一样拯救世界，爬进了强袭自由的控制仓，发现根本不是自己想象中的那么简单，伊卡洛斯搜寻到了强袭自由的残骸，意图摧毁，却不知道残骸中现在是光司。
千钧一发的时候，院长出手了，他带来了《一拳超人》中的琦玉，天王星系统被琦玉一拳秒杀。
被摧毁了天王星系统的伊卡洛斯陷入了待机状态，AST把她定义为“超精灵”级别，决定当场格杀，意外的被Ratatosk的指挥官“五河琴里”所救，并且给光司下达了指令，要他攻略“伊卡洛斯”，被修复之后的伊卡洛斯已经完全恢复了正常，脖子上的锁链也已经被去除，去除锁链之后的伊卡洛斯好像更加强大，并且带有一点的“傲娇”属性。
第一卷结束
光司得到了五河琴里的任务，必须在一个月之内攻略和泉纱雾，只能朝着这个方向努力，因为学院被破坏的实在太过严重，只能暂时闭校处理，无家可归的小鸟游六花跟着高坂光司和伊卡洛斯一同寻找住宅，被想到租赁房屋的时候却被小混混盯上了，三人被小混混唯独在胡同中，准备打劫，在伊卡洛斯准备出手的时候意外出现了《科学超电磁炮》中的御坂美琴和白井黑子及时出手阻止了混混的打劫，没想到还有这样的一股势力保护着秋叶原学院的安全，御坂美琴现在也已经是风纪委员中的一员了，她向伊卡洛斯发出了邀请，被白井黑子和光司极力阻止，因为性格原因，伊卡洛斯执意加入了风纪委员组织，六花在听说后也想要加入组织，却被拒绝了。
放走了打劫的混混，却被混混要挟会有人来收拾他们的，炮姐表示不放在心上，并且邀请几人着这一个月中居住在他们家好了，也更安全一点，没办法，三人只能同意了，白井黑子也执意要住进来。
六花想要学习炮姐的能力，而和泉纱雾也想学习白井黑子的能力，执意要拜两人为师，白井黑子却认为六花是要和她争夺炮姐，背地里说必须由二人准备一顿料理，这样就收他们为徒弟，料定她们不会烹饪料理的白井黑子却不知道她们准备采购现有的食材冒充准备好的食物，与此同时，炮姐拉拢伊卡洛斯加入风纪委员组织。
不曾想外出的和泉纱雾和小鸟游六花被先前的一伙流氓绑架了，这是本质上的报复行为，并且要求光司一个人前往缴纳赎金，在他们认为这都是光司所为，在废弃大楼中却遇见了拥有时崎狂三能力的男人，一番打斗之后男人逃跑了，遗留下来的证据矛头指向了本地最大的黑帮组织，根据调查，本地黑帮组织的头目其实是时崎狂三的第八分身，不知道为何能力转移到了一个男性的身上。
一天傍晚在炮姐家门口遇见了失去能力的时崎狂三第八分身，想要让他们帮忙夺回自己的能力，面对他的恳求是在众人不好拒绝只得答应，最后终于击败了黑帮头目，拿回了第八分身的能力。
拿回了附加有能力的灵装后，狂三好像并不是很想重新得到这份能力，把灵装偷偷的藏在了光司的行李箱里面，为以后的路埋下了伏笔。
一段时间的和平后，和泉纱雾提议全体去海边玩，实际上是为了看到众人穿女装的样子，在海边的零食组合大赛上居然遇到了妮姆芙，可惜妮姆芙并不知道前些日子的伊卡洛斯其实是高坂光司和她交换了身体。
时崎狂三好像对妮姆芙产生了兴趣，妮姆芙也侧面透露出了想要解开项圈的想法。
突然光司想到了在胖墩父子，又转而想起了父母，突然想要回去看一看，几个女生也纷纷表示想要跟着去，光司想到了自己重度ACG爱好者的父亲，觉得也不是不可行。
回家之后，发现高坂明绘和高坂大玲正在进行一场冷战，两人互相爱答不理的，甚至大玲对光司带回来的一票二次元妹子都没有什么兴趣。
因为人数实在是太多了，考虑到以后还要结婚的原因，光司直接就买下了家门附近的一栋别墅，晚上的时候，大玲不好意思的找上了光司，告诉了他事情真相，其实大玲年轻的时候出轨过，并且还有一个女儿叫长谷川枫，女孩的母亲在生她的时候难产死了，这个女孩一直被寄养在孤儿院，因为次元冲击的原因，孤儿院倒闭了，不得已只能接回来引起了高坂明绘的不满，大玲只能寻求自己儿子的帮助，光司答应了下来。
出人意料的长谷川枫很容易的就融入了几个女生中，光司觉得这是自己父亲犯下的错误，对长谷川来说是很无辜的，而且自己也早就想有一个妹妹了，所以对长谷川的态度还行，光司劝和了父亲高坂大玲和母亲的关系。
一年一度的夏日祭漫展到了，每年的漫展都不能错过，光司决定这次和和泉纱雾一起参赛，蹭一下她的热度
从长谷川枫的口中得知了这届漫展上还有声优大会，是有关经典动漫的声优前辈们的集合并且教授新人。
几个姑娘都对自己的声优很感兴趣，决定一同前去参加。
关于身份解决问题，直接就报名成cosplay人员，顺便参加各自的cos比赛。炮姐被自己的cos比赛刷了下来，显得异常郁闷，被这些冒充妹妹们并不是妹妹的态度大为失望，直接冲天打出了一发超电磁炮，引起了注意，随人以前就有本尊参加cos大赛的历史，但是并不多见，人气一下就被炮姐带动了起来。
人气被炮姐吸引了过去，就连和泉纱雾的摊位前都显得无人问津，长谷川缠着光司一起参加声优会议，没想到声优大会的现场更是人头攒动，并且热门动漫主角有绿色通道，光司被排除在外，只能返回摊位，没想到看到了《日在校园》中的伊藤诚在搭讪和泉纱雾，光司直接就冲他大打出手，并且引来了周围人群的一群人的愤慨，被在现场的次元警察当场抓获，扭送到了次元警局。被关押的时候光司才想到为什么伊藤诚还活着，不是应该被西园寺世界杀死了么？次元警局警长狂三认出了光司，再次向光司提出了想要得到伊卡洛斯的请求，直言不讳的就表明了需要伊卡洛斯体内的可变式羽翼核心，并没有说明用途，让光司更为对伊卡洛斯的身份困惑起来。
和泉纱雾再次把光司保释了出来，光司发现自己跟几个女生的关系原来越密切了起来。
光司终于想起来五河琴里给的攻略耳机，并且训斥他为什么不肯听从意见，不然早就能攻略了，光司想到了在烟花大会上伊卡洛斯的态度，表示不想要这样就攻略她们，现在的关系就挺好的，被五河琴里训斥成废物，光司直接就抛弃了五河琴里给的无线耳机。
无线耳机居然被伊藤诚捡到了，并且和五河琴里达成了共识，五河琴里决意通过伊藤诚替换高坂光司的位置，攻略伊卡洛斯。
一个月的时间过去了，秋叶原学院发出了开学通知，光司纠结于是不是要回到学校上课，pluto事务所一直没有消息，光司决定去看一下，发现时崎狂三第九分身早就已经复活了，不过根本不认识高坂光司。
六花表示想要回到秋叶原学院，炮姐和黑子也要回到常盘台高中了，并且承诺在明年毕业的时候会报考秋叶原学院。
返回秋叶原学院的光司被华城绫女认定为不合乎SOX教义章程，强迫光司要进行一次黄段子散播的恐怖活动，翻找行李的时候，光司意外地发现了被藏在衣服中的时崎狂三第八分身灵装，试穿后发现自己也拥有了时崎狂三的能力。
回到学校后发现了很多熟悉的面孔，初音未来和缪斯组合意外的和好了，两个组织决定一同发展。
光司被抽选成了秋叶原学院和学园都市的交换生，被派往二次元世界，和泉纱雾当即决定退学跟着光司一同返回二次元世界。
在二次元世界中光司跟着和泉纱雾住进了她家，遇到了和泉纱雾的哥哥和泉正宗，并被和泉正宗成为妹夫。
并且从和泉正宗口中得知最近还有个二次元男子来过，并且打听和泉纱雾的消息，在和泉正宗含糊的描述中，光司隐隐觉得有点什么不对劲。（伊藤诚）
并且伊藤诚在网络上对和泉纱雾的画作留言让光司察觉到这个人就是伊藤诚，开始怀疑他的动机是否不纯。
并且在前往学园都市报道的时候遇到了伊藤诚，他也要一起进入学园都市。
因为是交换生的原因，光司能够直接入住学园都市，但是和泉纱雾是没有超能力的，为了避免学园都市人口膨胀，只能限制没有超能力的外来人口加入，无奈只能让和泉纱雾穿上了时崎狂三的灵装，三人同时入学学园都市。
在学园都市的历史博物馆中，终于发现了事情的真相。
早在二十年前，在还未显现次元壁之前，学园都市高层为了打造新一代的lv6能力者，利用树形图设计者卫星的源代码重新设计了最新的科技卫星“树形图创造者”超级计算机组，本质上比前一代的树形图设计者计算能力更强大，意指能通过强大的数据运算和蝴蝶效应原理，通过对现有事件分析修改以达到创造未来的目的。
通过树形图创造者的计算，次元通道会被打破，从那时开始，学园都市高层就开始准备涉足三次元世界，派遣风纪委员就是其中的一项措施。
藤诚居然也进入了这个学校，光司为了避免诚哥干出什么不可逆转的事情来，决定当一次坏人，跟踪他后，发现伊藤诚已经成为了五河琴里新的实验对象，并且目标是攻略和泉纱雾，光司当机立断穿上灵装消灭掉了他，并且拿回了无线耳机，证明只有自己才能攻略她。
随后直接砸碎了无线耳机，以免再招致不必要的麻烦。
对伊卡洛斯越发怀疑的光司开始用自己的方法查明伊卡洛斯的来历，在网站上遇到了一个化名为“隐匿的真相”的管理员主动联系了光司
她告诉光司其实伊藤诚是被学园都市复活后用来进行试验的复制人，目的是检验经过运算模拟后的复制人是否会成长为和原型体相同的性格能力，以此就能达到量产lv5的计划，并且可以将其中一人递送到lv6的层面上去。
而五河琴里的组织正好是为了规程这一计划是策划者，以伊卡洛斯作为中立的接口切入，其并且拿出证据证明早前伊卡洛斯坠落在光司家的时候其实原定计划是飞临伊藤诚以供应测试实验体数据，被时崎狂三拦截的时候击落才会掉落在光司家里。
所以狂三们的目标就是回收伊卡洛斯，防止被学园都市用来测试克隆人，时崎狂三这么做也是因为自保的原因，防止被学园都市克隆。
光司认为这一切都是学园都市的错误，并且找到伊卡洛斯，言明收到了欺骗，恳请伊卡洛斯击毁“树形图创造者”，被伊卡洛斯拒绝，随后解体留下了可变式羽翼核心。
光司把可变式羽翼核心交给时崎狂三，被告知这个核心是假的，失去了利用价值的光司被收回了灵装，这时候光司才意识到被骗了，只能寻求炮姐的帮助，
在炮姐的帮助下，为了弄清楚事情真相，光司前往了织女星二号的“树形图创造者”，发现
出现的伊卡洛斯阻拦了。
（伊卡洛斯告诉光司，其实自己和学园都市是同一阵营为了对抗时崎狂三，因为时崎狂三想要关闭次元壁，所以才制造了假的伊卡洛斯由真的伊卡洛斯操控着送到了三次元世界干扰时崎狂三的注意力，被时崎狂三的突然袭击失去控制在检修的时候被光司的意外链接搞坏了，随后因为五河琴里拆除枷锁才重新取得了与伊卡洛斯的链接，并且伊卡洛斯坦言自己已经喜欢上了光司。直接强吻上了光司，强行把脖子上的枷锁和光司链接在了一起，证明自己的清白。）
时崎狂三一直认为前面的伊卡洛斯就是真实的，并且认为光司已经失去了利用价值，想要在接下来的秋叶原选举中夺得市长的位置，然后掌控对秋叶原的全盘控制。
时间线：
伊卡洛斯和学园都市合作→制造复制体伊卡洛斯→复制体伊卡洛斯被光司捡到→五河琴里打开复制体枷锁→伊藤诚出现制造矛盾→伊卡洛斯复制体自毁→在太空得知事情真相→次元通道关闭。
