当国民军准备在河南和湖北方向发动全面进攻的时候，国民军在国内其他方向的部队也没有闲着，随着陈敬云再一次强调肃清私人武装和土匪对于国内稳定的重要性，没有到河南和湖北前线参与作战的国民军野战部队包括那些地方守备团再一次展开了轰轰烈烈的打击土匪和私人武装的大规模行动，尤其是对国民军新占据的地区包括直隶、东北地区更是采取了严厉打击的手段。
这些打击土匪和私人武装的行动虽然远不如正规作战规模庞大和激烈，但是也不算小了，单单是东北第十军下属的各部队出动营级以上规模的行动就已经超过了二十次，打掉的土匪或者私人武装数以万计。其中的国民军第十军下属的第二骑兵师，也就是吴俊升的部队已经从东北向蒙古方向开进，准备肃清蒙古的一些武装势力，与此同时黄安源的第一骑兵师也已经离开了直隶境内，向着外蒙古方向进发，这两个骑兵师虽然一开始是打着肃清土匪的意思，但根本目的确实为了打击外蒙古的独立势力，第一骑兵师的进军方向可是直奔库伦。
辛亥革命后，外蒙古的藏传佛教活佛格鲁在这场中华动乱中叛乱成立‘大蒙古国’并自立为‘日光皇帝’这背后自然离不开俄罗斯的支持，此次独立并没有被清廷和后续的北洋政府所承认。清廷当时是没有力量去平叛，而袁世凯的北洋政府成立后也是一门心思想要平定南方诸位军阀，而外蒙古则是被袁世凯放在了后头，原因也简单，因为外蒙古本身是没有什么实力的，要解决外蒙古问题实际上还是要看俄国人的意思。如果俄国人下定了决定要保住这个‘大蒙古国’凭借当时袁世凯的力量根本无法顺利的收回外蒙古，所以就准备先拖着等解决了国内的陈敬云和唐继饶等人后再处理这个事情，不然的话在大军还在南方和国民军进行决战的时候还去招惹俄国人，实在是一件不理智的事情。
不过袁世凯没有想到，北洋军竟然会失败！
北洋军和国民军在争夺国内中央政府的决战中落败，而取胜的南京中华共和国作为现今中国内唯一的中央政府，这外蒙古`独立一事自然也就落在了陈敬云头上。
陈敬云可没有袁世凯那么多顾忌，加上北洋这个大敌已经被彻底击败，至于剩下的那些湖北等地军阀虽然也碍手碍脚，但是已经无法阻挡国民军的强势崛起，这种时候国民军也有了一定的条件收复外蒙古了。
当然，陈敬云也没指望着现在就收复外蒙，他现在只是派遣了骑兵部队进入内蒙古方向，肃清土匪和镇压内蒙古方向那些蠢蠢欲动的蒙古王公们，同时也是为了不久后收复外蒙古而做准备，而这个不久后指的自然是一战爆发以后。
现在嘛，黄安源和吴俊升的骑兵部队主要任务还是肃清那些土匪以及私人武装。
国民军在东北、直隶以及山东、安徽等地区进行着这轮声势浩大的清剿行动时，作为配合力量的各个地方守备部队也是出力众多，自从去年国民军对地方守备团进行扩编以后，国民军的地方守备部队已经不局限于在每个省的两到个重大城市各部署一个守备团，而是进一步深入到中小城市当中，在小型城市设立守备连，在中型城市设立守备营，这些新增设的守备部队加上原有的守备部队，让各省的守备部队数量进一步增大。
实际上，增加的这一部分守备部队某种程度上是为了取代那些被打击取消的地方武装以及私人武装，毕竟之前国民军的守备团都只部署在少数几个大城市里，而那些小城市，县城之类虽然也成立了警察，但是很多县都会自己组织民团、保安团之类的武装组织。陈敬云把这些武装给撤销并清剿了后，自然要补充上守备部队驻扎当地，要不然当地民众就会失去保护，只靠那几个警察可无法有效的维护当地的社会安定。
以安徽为例子，安徽已经是编成了一个五个团的守备部队，这些部队分散部署在大中小城市当中，总兵力也是接近八千多人了。当然了，别看人数不少了，但是指望着他们和敌军进行野战那是不现实的，这些守备部队更多的是类似武装警察的存在。
在这场大规模清剿活动中，北京的李继民也没有闲着，虽然北京周围没有什么大规模土匪，甚至连大规模的私人武装也没有，但是这不代表着李继民就没事做。
进入北京城后李继民手下的第一军就是全面控制了北京城，鉴于北京曾是北洋政府的首都以及城内聚集了大量前清遗老遗少和北洋的重要人物，所以李继民一进入北京后就是根据南京的命令进行了大规模的控制和清洗。
除了一开始就投诚的部分北洋军官和将领外，大批北洋官员和军官被逮捕，其中一些具备了重大影响力的虽然不能公开抓捕但是也被软禁了起来。
除了肃清北洋残余外，李继民也是的毫不犹豫的派兵进入了紫禁城并把溥仪给赶到出来并让溥仪迁居到另外一处住宅并被软禁了起来。、
此时可不是李继民擅自专断，而是来之于陈敬云的命令，虽然当初辛亥革命时南北和谈达成了优待清皇室的条款，但是陈敬云又不是袁世凯，当初答应给清皇室优待的是袁世凯可不是他陈敬云，陈敬云可不想都民国了，紫禁城里还有着一小群人天天坐着皇帝的美梦，更不想清皇室的影响力持续下去最后让日`本人找到什么机会弄一场满洲独立之类的事情，后世里的伪满洲国陈敬云是绝对不会让他再一次出现的，如果不是怕影响不好他都要下令让李继民把溥仪直接杀了了事，免的他长大后被日`本人利用。可是终究没能做出这样的事情来，倒不是陈敬云心软，而是直接光明正大的把溥仪这小孩子给杀了容易造成恶劣影响。
为了达成把溥仪赶出紫禁城并肃清前清以及北洋残余的效果，调查局的陈彩亲自前往北京指示调查局展开工作，仅仅是数天时间里调查局就已经是拿出了一大堆证据，把溥仪等一群前清皇族和民国元年在东北地区爆发的宗社党叛乱结合了起来，大肆指责前清皇族意图叛乱复国。事实的真相到底如何已经不重要，重要的是李继民当天就是把溥仪从紫禁城里赶了出来，并软禁逮捕了一大批前清余孽。
紧接着南京共和政府宣布废除前清优待条例，紫禁城收归国有，并准备改建为国家博物馆，并宣布到时候任何游客只要支付参观门票，谁都可以去龙椅上坐一坐，而且不分人狗。
此时让一大群满清余孽痛哭疾首，大骂陈敬云这个叛臣贼子，不过也没见他们真正为了溥仪而上吊自杀或者是硬是往国民军士兵手中的枪口上撞过去，一个个只能嘴巴上叫嚷着，报纸上骂着，不过说不准这些人心里还犹豫着等紫禁城改为了国家博物馆后，自己是不是也花点门票去参观参观然后坐一坐那龙椅呢？
除了解决紫荆城和溥仪外，李继民还让手下的部队配合着陈彩手下的调查局在北京城内进行了大规模的清洗活动，大量反对南京共和政府以及反对陈敬云的人士被逮捕然后以各种罪名被枪毙，其中用的最广泛的罪名就是“叛国罪！”
说起来叛国罪这个词在民国初年的这几年来用的相当广泛，孙文、黄兴、宋教仁等人头上都盯着这么一顶帽子，而南京共和政府的一大群人也是被袁世凯带上了叛国罪的罪名，陈敬云、沈纲乃至郑祖荫这些都是有着这么一顶帽子在。而同样的，陈敬云也给毫不示弱的给大票的北洋待上了叛国罪的罪名，袁世凯自然是最大的一个。不过段祺瑞和黎元洪等人主动投降，让大批的北洋人得以免除了叛国罪的罪名，甚至不少人都直接进入了南京共和政府中任职，比如北洋内阁里的财务部总长周学熙、这人在段祺瑞筹划着投降时就是立即赞同，并且拉拢了大批政府内的重要官员加入其中，所以在国民军进入了北京城后，为了初步稳定北京城的局势，加上段祺瑞和黎元洪都准备去南京见陈敬云并且到南京任职，而李继民也不能让北京一直处于军官状态，为此陈敬云就邀请这个在北洋诸多投降官员中有着巨大威望的周学熙担任北京特别市的市长，负责安定人心。
周学熙崛起了，也有些人顽固不化而被国民军以叛国罪的逮捕并枪毙，不过更多的则是躲入了租界里头，比如内阁总理赵秉钧就是找了个机会溜出了北京城，然后潜入了天津租界。
而不管怎么说，北京城现在已经是掌控在国民军的手中，等李继民把北京城肃清的差不多了，南京共和政府筹划已久的北巡也准备开始了，五月十五号，陈敬云的专列从南京北站出发，准备沿着津浦线北上巡视，将会途径安徽蚌埠、江苏徐州、山东济南最后抵达北京。
