获得徽章后，巫马就离开了道馆。
「老师，恭喜你了。」小奇走跑过来说道。
「要说恭喜还早得很呢。赢得徽章只是很普通的事情，没什么值得恭喜的。」
「那老师您接下来要去哪呢？」
「就去缘之市吧，我记得缘之市也有道馆才对。」
「老师，不如我们去一趟立志湖吧。那边有个度假区，说不定会很好玩哦。」小奇说道。
巫马忽然想起来，之前确实说好了要去立志湖的，不过去了反转世界后就忘记了。
「既然你想去，那我们就走吧。」
在湿原市休息了一天后，巫马和小奇就向着立志湖出发了。
立志湖度假区所在的位置，距离湿原市并不远。走了一天后，他们就到达了立志湖。
立志湖非常的美丽，光是看着湖水，就让人心旷神怡。正是因此，吸引了大批的游客到来。
巫马和小奇来到立志湖旁边的宝可梦中心。一个熟悉的身影引起了巫马的注意。
「小茂，你怎么在这？」巫马很意外地说道。
「巫马，好久不见了。」
小茂也是见过这种样子的巫马是。
「我刚刚挑战了道馆，决定了在立志湖这边游玩一段时间，你呢？」巫马问道。
「我正在做相关的调查。」
巫马发现小茂的旁边有一只月伊布。
巫马蹲下来，摸了摸月伊布的脑袋。
「怎么样？冰伊布和叶伊布都找到了吗？」
「找到了。进化的原因也研究得差不多了。等论文写完就可以发表了。到时候再麻烦你看看有没有问题。」小茂说道。
「我对宝可梦研究可没什么天赋，还是拜托大木博士检查吧。」
「你们要去立志湖的话，明天早上我陪你们一起吧。我对这里还比较的熟悉。」小茂说道。
「好啊，那麻烦你了。」
巫马和小奇在宝可梦中心住了下来。
第二天一早，两人跟着小茂来到了立志湖。
立志湖非常的清澈，站在湖边往水里看，就能够看到宝可梦。果然，光是看到立志湖就能够让人的心情变得非常平静。
巫马发现整个湖面就像是镜子一般，毫无波澜。巫马想着，骑拉帝纳是不是能够透过湖面看到他呢。
「那是什么啊？」小奇忽然说道。
巫马抬头，看到上空突然出现了一个最大的飞船。那个飞船巫马认识，是猎人J的。
「她又想做什么？」巫马喃喃道。
「毒骷蛙，使用恶波动。」
一道攻击突然向他们打了过来。
「小心！」
巫马拉着小奇和小茂向后退了一步，躲过了攻击。
「银河队，你们怎么在这？」
巫马发现攻击他们的竟然是银河队的人。
「没想到你们竟然和猎人J混到一起去了。」巫马一下子就明白是怎么回事了。
两个地下组织的人一起来到了立志湖，看来这里有相当重要的东西。
「月精灵，使用影子球。」
小茂指挥月精灵向着对方攻击。
「毒骷蛙，躲开。」
毒骷蛙向旁边跳跃，躲过了攻击。
「接着使用恶波动。」
「哈克龙，龙之怒。」
小奇派出哈克龙，挡住了攻击。
巫马没有参与战斗。他看着猎人J的飞船，注意到一个东西从飞船上快速地落下来，掉入了立志湖中。
接着，湖中发生了爆炸。湖里面出现了一个漩涡，一个光团从漩涡中飘了出来。
「这是什么啊？」小奇问道。
「我来说明吧！」银河队的队长走过来。
「这是银河炸弹，是用帷幕市的陨石能源制造出来的。可以将空间炸出巨大开口的炸弹。」
帷幕市的陨石吗？原来银河队抢的陨石是用在这里啊！
对方看着湖面继续说道：「湖中的传说宝可梦并不是像字面所说的，生活在湖里面。而是在以湖泊形式存在通往异空间之门中。一直注视着我们的世界。」
「你们的目标是亚克诺姆！」小茂惊讶地说道。
「没错。」银河队队长露出了笑容。
猎人J坐在暴蝾螈的身上，向着光团飞了过去。
巫马注视着猎人J，他并没有着急动手。
「老师，我们不要阻止她吗？」小奇问道。
「不着急。」
银河队和猎人J合作，所需要的东西肯定不仅仅是亚克诺姆这么简单。
亚克诺姆、艾姆利多、由克希，三者并称为三圣姑。它们是创世之神阿尔宙斯创造出来的，蕴含着意志、情感、智慧能量的宝可梦。
它们与掌管时空、空间、反转三个世界的宝可梦之间也有所关联。
巫马猜测，银河队是想对帕路奇亚和帝牙卢卡动手了。
「暴蝾螈，使用破坏光线。」
暴蝾螈使出破坏光线，命中了光团。下一刻，头顶是蓝色，身体是白色，背后有两条尾巴的宝可梦出现了。它就是代表意志的传说宝可梦亚克诺姆。
「去吧，大嘴蝠，使用超音波。」
银河队放出了大量的大嘴蝠，向着亚克诺姆发动攻击。
不过，亚克诺姆作为传说中的宝可梦，还是有几分实力在的。它使出绝招，顺利地将大嘴蝠们都打倒了。
这时，猎人J忽然出现在亚克洛姆的前面。她朝着亚克诺姆射出了一道射线。亚克诺姆也同时释放了绝招。
双方的攻击都命中了对方。亚克诺姆雅克罗被石化了，猎人J也受到了伤害。
接着，猎人J拿出一个仪器，将亚克诺姆抓了起来。
亚克诺姆被捕捉后，这个世界就变得不平衡，另外两只宝可梦也会现身。
果然，没过多久艾姆利多和由克希也出现了。
银河队的成员大量出现，他们放出宝可梦对着两只传说宝可梦发动攻击。
猎人J抓住机会，用射线将亚姆利多和由克希捕捉了起来。这样一来，三圣姑都被猎人J捕获了。
「巫马，我们一起动手吧，不然没机会了。」小茂走到巫马旁边说道。
「这件事没那么简单。即便我们现在救了三圣姑，他们没达到目标，还是会再找机会动手的。与其随时随地地提防，还不如一次性将他们解决掉。」
觊觎神兽力量的人类，最终都没有什么好下场。巫马对这一点坚信不疑。
「猎人J，辛苦你了，报酬就跟之前说好的一样吧。」银河队的队长说道。
「没问题。」
猎人J的一切行动，都是为了钱。她对传说中的宝可梦并不感兴趣。银河队花了大价钱才聘请到她的。
猎人J坐上飞船，向着空中飞去。
巫马准备跟上去。之前几次都让猎人J给逃掉了，这一次巫马一定要将她解决。
然而就在这时，两道能量打下来，命中了飞船，这是之前艾姆利多和由克希使用的先知绝招。先知绝招能够预知攻击。现在时间到了，攻击也降临了。
在两只传说中宝可梦的攻击下，猎人J顿时失去了平衡，砸入了湖中。
没过多久，立志湖中就发生了剧烈的爆炸。看来猎人J就这样从历史上消失了。
巫马稍微觉得有点可惜，他还没有好好地收拾猎人J呢。
银河队可没有管猎人J的事，他们直接带着三圣菇，坐上飞机向着远处飞去了。
「小茂，不用担心，事情会解决的。」
「小奇，我们走吧。」
巫马和小齐坐在快龙的身上，快速的向着银河队的飞机飞去。
「那个方向好像是天冠山。」小奇看着地图说道。
「天冠山，那么银河队的目的地应该就是那里了。」
巫马对于天冠山有一点点记忆。
「走，我们下去吧。」
看到银河队的飞机降落在了天冠山上，快龙也隔了一段距离停下来。
巫马和小奇快速地靠近银河队的位置。看到银河队后，他们就找了一块石头躲起来。
在飞机的前方，有一个银白色的圆形球体，似乎是遗迹的入口。
银河队拿出了一个箱子，一把金色的钥匙从箱子中飘了出来。
钥匙融入白色晶体中，遗迹的门打开了。
银河队的人带着三圣姑，进入了遗迹之中，就留下了一个队长守在飞机的旁边。
正当巫马准备出手时，一个巨大的身影冲了过来。
巫马看过去，发现是一只烈咬陆鲨。烈咬陆鲨使出超级冲击，直接将银河队队长的宝可梦给击倒了。
随后，一辆车快速地开过来。一个女人从车上走了下来。
「什么人？」
巫马知道自己被发现了，便走了出去。
「好久不见了，竹兰小姐。」
开车过来的女人，正是竹兰小姐。
「巫马，你怎么会在这儿？」竹兰小姐问道。
「我在立志湖看到银河队的人抓走了三圣菇，所以就一路赶过来了。你呢？」
「我是知道至少了银河队的阴谋，所以跟过来的。本来我是和小智他们一起过来的，但他们突然消失了。」
「消失？去哪里了啊？」
「这就要问她了。」竹兰小姐看着队银河队的队长说道。
在竹兰小姐逼问下，对方供出了小智他们的位置。他们选择就被关在了飞机里面。
「竹兰小姐，我进去救他们吧！」
米飞进入飞机，发现里面还有两三个银河队的成员。
「迪路兽，喵喵拳。」
在这种狭窄的空间之中，迪路兽能够发挥出意想不到的力量。三下两下的，迪路兽就将银河队的两个守卫解决了。
巫马从守卫的身上拿下钥匙，打开了门。
「各位，好久不见。」
小智几人看到巫马也非常的惊喜。除了他们三人以外，火箭队三人竟然也在这里。看来真的是皮卡丘在哪，他们就跟到哪儿啊？
「好了，我们快出去吧，银河队的最后表演就要开始了呢。」
大家来到外面和竹兰小姐汇合之后，就快速地跑入了遗迹中。当他们看到银河队的人时，发现他们将三圣菇放在了祭台上。而在中间摆放着两颗宝石，分别是金刚玉魂和白玉魂。
通过三圣菇的力量灌注进入金刚玉魂和白玉魂后，时间和空间就会发生重叠。这样一来，就能够同时召唤出帝牙卢卡和帕路奇亚了。
「快住手！皮卡丘，使用十万伏特。」
皮卡丘施展十万伏特，命中了银河队的机器。
「做得好，皮卡丘。」
机器被破坏后，召唤就会中断。然而，巫马望着前方的帕路奇亚和帝牙卢卡，它们已经被召唤了出来。
同时，两道锁链分别缠绕在它们的身上，把两者控制了起来。
银河队的人派出了宝可梦进行攻击，小智几人也派出自己的宝可梦迎战。双方激烈地战斗了起来。
「先救三圣菇。」巫马喊道。
击败了银河队的宝可梦后，小智几人赶紧将三圣菇救了下来。
不过一切都来不及了，帕路奇亚和帝亚卢卡已经被召唤了出来。红色的锁链缠绕在它们的身上，让它们无法动弹。红色的锁链上有创世之神，阿尔宙斯的力量。帝牙卢卡和帕路奇亚都没办法摆脱。
「帕路奇亚，帝牙卢卡，用你们的力量在这里创造一个新的宇宙吧！」
在银河队首领赤日的命令下，帝牙卢卡和帕路奇亚将自己的力量融合起来，一个时空漩涡开始产生了。
「哈哈哈，创造了新世界的人就是我！」赤日大喊道。他已经完全疯狂了。
「各位，只要能把帝牙卢卡和帕路奇亚救出来，应该就能停止新世界的扩张了。」竹兰小姐说道。
「好，大家一起攻击吧！」
「皮卡丘，使用十万伏特。」
大家指挥着宝可梦们进行攻击。然而，攻击直接被帝亚卢卡和帕路奇亚挡了下来。
「杀掉阻碍我的家伙！」赤日大喊道。
两只宝可梦对着众人发动了攻击。如果是被时间和空间的力量所命中的话，他们就完蛋了。
巫马从兜里掏出了一面镜子。一道强大的攻击从镜子中释放出来，将两只宝可梦的攻击挡了下来。
没错，这正是反转世界骑拉帝纳奇的攻击。
骑拉帝纳在反转世界中，看到帕路奇亚和帝牙卢卡又造成了巨大的混乱。它气得都想冲出来，把这两个家伙揍一顿了。
巫马一直用镜子和骑拉帝纳保持联系，所以才能及时地让它出手。
「哈哈哈，新的世界，是我的了。」
赤日向着漩涡中走去，他打算拥抱新的世界了。但巫马清楚，单纯用时间和空间之力所创造出的世界，是没办法让人生存的。赤日进去之后，就会被两种力量撕得粉碎。
「战斗暴龙兽，战斗龙卷风。」
战斗暴龙兽用战斗龙卷风冲过去，撞在两条红锁链上，将红锁链给击碎了。
红锁链本身并不是特别的坚硬，只不过上面拥有阿尔宙斯的力量，能够克制帕路奇亚和帝亚卢卡。
两只宝可梦得到解脱后，它们创造出来的世界就渐渐地消失了。
但此时的帝牙卢卡和帕路奇亚已经处于混乱之中。它们发动时间咆哮和亚空裂斩，再度创造了一道漩涡。这道漩涡和之前不一样，它正在将周围的东西疯狂地吞噬进去。同时，这道漩涡在不断地扩大，不阻止的话，整个世界都会被灭亡的。
另外一道漩涡出现，骑拉帝纳从漩涡中钻了出来。
骑拉帝纳直接对着帕路奇亚和帝亚卢卡发动攻击，瞬间打断了两者的力量。时空漩涡停止扩张了。
帕路奇亚和帝亚卢卡看到骑拉帝纳后，立刻发动攻击。它们之间的仇怨也不是一天两天了。
然而，骑拉帝纳的加入并没有让情况变得更好，四周反而变得更加的混乱了。
之前还有骑拉帝纳在反转世界中进行修复，现在它们三者的攻击对世界进行着毫无阻碍地破坏。
「想要将这一切停止，必须想办法将它们送回原本的空间才行。」巫马说道。
这时，三圣菇
突然飞了上去。它们施展自己的力量，形成了传送漩涡。只要让帝亚卢卡和帕路奇亚进入漩涡中，它们就能够回到原本的世界了。
「骑拉帝纳，把他们送回去吧，不要再打了！」巫马大声喊道。
骑拉帝纳听到了巫马的声音，它猛地撞过去，直接将帕路奇亚和帝牙卢卡撞入了漩涡之中。
当帝牙卢卡和帕路奇亚消失之后，时空漩涡也就彻底消失了，一切又恢复了平静。
「多谢你了，骑拉帝纳。」
骑拉帝纳咆哮了一声，这一次它是获得了完整的胜利。这件事足以让它高兴很多年了。
漩涡打开，骑拉帝纳回到了反转世界中。
「太好了，一切都解决了。」小智说道。
「这一次多亏了你们呢，不然神奥地区就会陷入浩劫了。」竹兰小姐说道。
三圣菇围着在小智他们转了起来。它们是特别选中了小智三人过来帮忙的，所以小智他们才会从竹兰小姐的车上突然消失。现在一切都解决了，三圣菇也将回到自己生活的空间里了。Z.br>
当大家从山洞中出来之后，君莎小姐已经将这里围了起来。
除了首领以外，银河队的人被一网打尽。当然，银河队的首领也不可能再出现了。随着银河队高层的集体被捕，银河队很快就会彻底消失了。也不知道下一个统治神奥地区地下势力的会是谁。从火箭队目前的情况来看，他们应该不会是新的统治者。
「好了，接下来我们也该离开了。」巫马说道。
「我们刚刚才见面欸，不一起旅行一段时间吗？」小智问道。
「我在反转世界生活了一段时间，现在才拿到四个徽章呢。接下来我得赶紧加快速度了。小智，我们还是在联盟大会上再见吧。」
「好，我等待着你。」
和小智告别之后，巫马和小奇坐在快龙的身上，朝着下一个道馆的所在地出发。
之前决定的地方是缘之市。缘之市距离天冠山并不远，两人便坐着快龙便直接飞去了。
在天黑之前，巫马和小奇就到达了缘之市。缘之市是神奥地区的一个大都市，这里的商业非常的发达。缘之市几度被大家评为最适合居住的城市。
巫马和小奇到达缘之市后，先去了宝可梦中心。他们并没有急着去道馆，而是在缘之市玩了起来。
缘之市非常的热闹，去街上能够看到很多售卖东西的摊点。无论走到哪儿，都是人山人海的。
巫马到达一个城市，自然是会去吃那里的美食。缘之市也有很多特色的美食，巫马都一一地尝了一遍。
玩得差不多，巫马就来到了缘之市进行道馆挑战赛。
裁判：「缘之道馆的道馆赛即将开始。双方能够使用的宝可梦为三只，一方的三只宝可梦都失去战斗能力后，另外一方获得胜利。接下来，请双方派出第一只宝可梦。」
「我派出的第一只就是你了，耿鬼。」
梅丽莎派出的第一只宝可梦是耿鬼。幽灵系的宝可梦确实不太好对付。
「既然如此，就由你上吧！死神兽。」
对付幽灵，自然要让幽灵出场。
「很少见的宝可梦呢，不过我在他的身上感受到了幽灵的气息。既然都是幽灵属性，那就让我们好好地来一场对战吧。」梅丽莎说道。
「死神兽，使用挥斩！」
死神兽冲过去，举起镰刀砍向耿鬼。
耿鬼向着旁边一闪，顺利地躲过了攻击。幽灵系的宝可梦是相当灵活的，想要命中可没那么容易。
「耿鬼，影子球。」
「死神兽，
躲开！」
死神兽瞬间躲闪，避躲过了攻击。接着，死神兽出现在耿鬼的背后，一刀砍在了耿鬼的身上。
这一击让耿鬼受到了不小的伤害。
「怎么会！」
梅丽莎有些惊讶，按道理来说，物理性的攻击对耿鬼来说是没什么效果的。但那把镰刀的挥斩确实对耿鬼造成了很大的伤害。
「死神兽的镰刀可不是普通的镰刀哦，梅丽莎小姐要小心哦。」
梅丽莎嘴角上扬，看了这场对战比她想象得更有趣呢。
「既然这样，耿鬼，使用催眠术。」
耿鬼施展催眠术，想要催眠死神兽。
「死神兽，直接攻击。」
死神兽冲过去，再次挥动镰刀砍在耿鬼的身上，对耿鬼造成了很大的伤害。催眠术对死神兽是没有效果的。
「耿鬼，黑夜诅咒。」
「死神兽，挡下来！」
死神兽将镰刀挥出，一道能量攻击过去，和黑夜诅咒撞在了一起。
「耿鬼，使用影子分身。」
耿鬼分出大量的分身，围绕在死神兽的身周围。这样一来，死神兽就不知道该攻击哪一个好了。
「就是，现在影子球！」
所有的耿鬼同时使用影子球，向着死神兽攻击过来。
死神兽并不知道哪一个才是真的，没办法进行躲避。
「死神兽，将所有的攻击都挡下来。」巫马喊道。
死神兽一边挥动镰刀，一边旋转，一瞬间将所有的影子球都给切开了。
影子球炸开，所产生的气流对死神兽造成了一定的伤害。
「死神兽，进行收割吧！」
死神兽飞上去，对着耿鬼发动攻击。
「耿鬼，躲开。」
耿鬼利用灵活的身体，躲过了斩击。然而这时，镰刀另外一边的锁链飞过来，将耿鬼给缠住了。
「很好，就是现在。灵魂切断！」
死神兽冲过去，强力的一击打在耿鬼的身上。
耿鬼倒在地上，失去了战斗能力。
「耿鬼失去战斗能力，请道馆训练家派出下一只宝可梦。」
