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且说晋国自从司马道之掌权以来，朝政日渐荒废，甚至最后与天子司马曜一同玩乐，奢靡至极。
因为太过于贪图玩乐，使得司马道之无法长时间处理政务，便将所有政务交付于其子司马元显。
及后司马曜醒悟，想要重新夺回朝政，却被司马元显联合与司马曜有嫌隙的张贵人，将之捂死榻上。
司马曜死后，司马元显父子拥立了皇太子司马德宗继位。
可笑的是，司马德宗智力缺陷，就连冬夏的都无法区别。
因此司马德宗继位后，晋国皇帝的权力再次大大下降，使得朝外许多将军实际上已经自立，不受君命。
朝内的权力也完全的落在了权臣之手，即司马元显父子。
多年来以司马父子为首的上层朝贵昏庸享乐，丝毫不顾地方的发展。
使得地方豪强横行霸道，官吏形如豪强鹰犬，乌烟瘴气，百姓苦不堪言。
再有晋廷创立之初，为了管理南下的被人，设立大量的侨郡桥县，专门设置一种户籍称之为“白籍”。
因为白籍之人没有土地，所以并不存在缴纳赋税一说。
随着时间的推移，多次北伐的失败，使得北人不得不在当地生根发芽。
其中，北人中的上层豪族成功在当地拥有了大量的田地庄园，而下层百姓则多沦为了豪族的部曲、佃农。
而因为侨人是白籍，所以不需要缴纳赋税，而一直居住在当地的旧人却承担着大量的赋税，形成了侨旧矛盾。
为了解决国内的侨旧矛盾，晋廷便多次实行的“土断”的政策。
即以土著为断，重新整理户籍，将当地百姓不再分为侨人、旧人，一律在所居郡县编入正式户籍，取消对侨人的优待。
桓温、谢安都推行过此策，实行后，一时间财阜国丰，豪强肃然，国内矛盾得到了极大的缓解。
可是随着时间再次推移，接受土断的侨人开始回过味来。
原先在北方是望族的大族，经过土断后，竟然丧失作为北来高门的标帜，沦为普通士族。
而底层侨人则是深知从此要负担沉重的调役，所以二者都从心底里不愿意接受土断。
及至司马元显强行征召征调，因三吴门阀免除官奴身份成为佃客的广大民众，进入建康以充实中央兵员作为“乐属”。
此举极大激起当地门阀和当地百姓的愤怒不满。
于是在当地广有名望，深受土断之害，已经沦为普通士族的原琅琊孙氏孙恩。
凭借自己五斗米道江南道教主的身份，率众乘机从海岛（舟山群岛）攻入上虞，攻杀了上虞令，正式宣布造反。
此时百姓怨恨朝廷不作为，人心动荡，于是三吴八郡之间，不断有人响应孙恩的叛变。
只是短短一个月的时间，三吴八郡皆反。
随着孙恩进一步攻克会稽郡，攻杀会稽太守王凝之，五斗米起义抵达顶峰，孙恩的部众因此增至数十万人。
时晋国的郡县官员大多不是被杀就是弃郡逃亡，于是孙恩据守会稽，自号征东将军，称自己的党众为“长生人”。
晋廷得知消息后，连忙派遣徐州刺史谢琰与镇北将军刘牢之前往镇压。
孙恩在得八郡响应下原打算攻陷建康直接推翻东晋。
可在知道晋国名将刘牢之来袭，已经兵临钱塘江时，心生畏惧之下，就打算放弃之前的豪气，只想要割据会稽，以钱塘江为界限，与东晋朝廷分庭抗礼。
然孙恩部众终究只是乌合之众，短短三四个月，刘牢之成功渡江，孙恩被逼率其所虏略的二十多万民众撤回海岛。
但第二年，孙恩再次率部众攻浃口，入余姚，破上虞，抵山阴县北面的邢浦。
可是被谢琰参军刘宣之击退，不久再度进军邢浦，并逼近会稽，守城的谢琰出战，却不料战死。
谢琰身为谢安次子，乃东晋顶级高门之后，战死的消息传至建康，朝野震惊。
愤怒的谢氏强行要求朝廷出兵平叛，不然自己轻往。
司马元显恰好想要拉拢谢氏，便派重兵前往镇压，遣桓不才、孙无终和高雅之领兵往之。
几个月后，孙恩在余姚大败高雅之，但刘牢之及后却再次击败孙恩。
孙恩被迫再度逃入海岛。
司马元显本以为孙恩之乱就此平复。
不料，第二年，孙恩第三次从海岛登陆，又一次攻破浃口，转进句章。
这一次因为被刘牢之提前预判，久久不能攻克，最终撤回海岛。
同年，孙恩四度登陆，这次转攻海盐，不料被刘牢之麾下参军刘裕击退。
不甘心的孙恩又想要夜袭，又被刘裕识破击败，只得转攻吴国内史袁山松守的沪渎。
之后一路高歌猛进，进至京口，图取东晋京师建康。
这时，控制了东晋西面的桓玄趁机声称勤王起兵，实则想要以兵上洛，被司马元显多次拒绝。
好在刘裕在丹徒以少胜多，大败孙恩，大量孙恩部众堕海或堕崖，令孙恩狼狈登船逃走。
没了孙恩的威胁，司马元显立即下诏命桓玄解严。
不过桓玄趁着这段时间，大量进行军事调动，更建立了武宁郡和绥安郡，分别安置迁徙的蛮族以及招集的流民。
完全控制了江州及其以西的所有晋土，并对东面实施了战略封锁，完全阻断了长江中上游，对建康的漕运，使得东土陷入饥乏。
这时候，孙恩再度出海，重整兵力再进建康，这次因为重兵都在西面，防备桓玄，所以司马元显亲自率兵拒战，却屡战不利。
好在豫州刺史司马尚之援救及时，孙恩乘虚掩袭建康的图谋失败，于是至新洲后就撤退，北走郁州。
随后，孙恩在郁州曾击败来攻的高雅之并俘虏他。
然及后又遇到前来讨伐的刘裕部，多场战事后孙恩大败，实力锐减，于是一路连战连败，沿海南逃，直至遁入大海，凭借船坚之利，返回海岛。
得到朝廷大军东去，特别是最精锐的北府军都被调去讨伐孙恩，中枢空虚。
桓玄立即亲自率兵东下，起初还担心自己抗拒朝命，害怕手下士兵都不会为他所用。
然而过了寻阳仍未见朝廷军队，于是十分高兴，士气亦上升，移檄上奏司马元显之罪。
之后，又于姑孰击败了司马尚之，夺取了历阳，距离建康仅仅十多里。
恐惧之下的司马元显害怕被桓玄瓮中捉鳖，于是登上海船，做出随时跑路的准备。
另一面又急调北府军前来抵抗。
而此时掌控北府军的刘牢之担忧自己击败桓玄后，出现狡兔死走狗烹，将会不容于司马元显，竟与其手下北府军向桓玄投降。
